第一種：現場人工取樣，實驗室分析

優點：可通過人員同一片水域但不同地點采集水樣帶回實驗室進行同一片水域但不同地點的水質情況。

缺點：水質監測系統龐大，這種檢測方式存在速度慢、檢測時間較長、操作復雜、穩定性差、且無法在第一時間獲取水質污染情況的準確信息、部分測量參數完成檢測后會產生有毒有害的二次污染物（測量廢液）等弊端。

第二種：建設水質自動監測站

優點：美觀、穩定性較高、自動化程度高、可全天候進行水質在線監測等優點。

缺點：站點位置固定，難以實時發現和跟蹤污染、需定期更換儀器測量試劑（部分測量參數）、部分測量參數完成測量后會產生有毒有害的二次污染物（測量廢液）、野外監測站點施工難度較大、水質監測設備供電較困難、儀器運維流程較復雜、站點建設成本高等缺點。

第三種：走航式水質監測船、水質監測車

優點：同一時間內此方式相對于第一種方式可以進行更多點位的水質監測、機動性高。

缺點：成本高、而且存在產生二次污染（測量廢液、車輛、船舶尾氣大氣污染）的風險。